A exploração do ouro não era autorizada pelo vice-rei, D. Luís de Vasconcelos e Souza, que foi obrigado a tomar medidas proibindo este tipo de atividade na região. Muitos garimpeiros desistiram da atividade e a grande maioria se lançou para outras terras. Atribuiu-se aos remanescentes dos garimpeiros fracassados a criação do Arraial de São Sebastião, elevado a curato no ano de 1852.
Já no dia 28 de setembro de 1855, foi elevado à categoria de freguesia. Em 1861, São Sebastião do Alto foi desmembrada do município de Cantagalo, passando a constituir parte integrante da comuna então criada.
Em 17 de abril de 1891, de freguesia passou a vila. Em 8 de maio de 1892, foi extinto, passando para a jurisdição de São Francisco de Paula. Finalmente, em 7 de dezembro de 1892, era restabelecido o município de São Sebastião do Alto.
São Sebastião do Alto localiza-se a uma latitude 21º5726 sul e a uma longitude 42º0805 oeste, estando a uma altitude de 575 metros. Sua população, pelo Censo de 2010, era de 8.895 habitantes. O município possui uma área territorial de 397 quilômetros quadrados. Tem como limites os municípios de Cantagalo, Macuco, Itaocara, São Fidélis, Santa Maria Madalena e Trajano de Moraes.