Os municípios da região tiveram a colonização influenciada por descendentes de alemães (Brust, Emerich, Erthal, Heckert, Miller, Shott), suíços (Ballonecker, Marchon, Bohrer, Marfurt, Bercot, Monnerat), franceses, portugueses e libaneses.
A ocupação das terras do atual município de Bom Jardim está diretamente ligada à ocupação das terras auríferas de Cantagalo. Nos finais do século XVIII e no início do século XIX, a Coroa Portuguesa passou a distribuir cartas de sesmarias na região a fim de promover a sua ocupação.
Várias sesmarias foram solicitadas nas margens do Rio Grande onde hoje se localiza o município de Bom Jardim. Em 1819, já com a família real do Brasil, foi instalada uma colônia suíça a apenas quatro léguas da atual sede do município. Em 1824, uma colônia de alemães instalou-se no mesmo local. Muitos desses colonos estabeleceram-se em terras pertencentes ao atual município de Bom Jardim.
Com o desenvolvimento da lavoura cafeeira na província fluminense, Cantagalo tornou-se um grande polo produtor e Bom Jardim beneficiou-se como rota de trânsito das tropas que transportavam o café para o Rio de Janeiro e também passou a ser produtor de café. A autonomia do município de Bom Jardim começou a ser delineada em 1857, quando a localidade de São José do Ribeirão (hoje segundo distrito de Bom Jardim), foi elevada à categoria de freguesia do município de Nova Friburgo.
Em 1875, foi inaugurado o ramal ferroviário até Bom Jardim. Em torno da estação desenvolveu-se um povoado que, em 1886, foi elevado à categoria de distrito policial do município de Cantagalo. Com a proclamação da República, a freguesia de São José do Ribeirão foi transformada em município através do decreto nº 280, de 6 de julho de 1891. Porém, com a promulgação da Constituição Estadual, no dia 9 de abril de 1892, que criou novos critérios para a existência de municípios, foram extintos 14 municípios, entre eles São José do Ribeirão.
Entretanto, o distrito policial de Bom Jardim, juntamente com a freguesia de São José do Ribeirão, atendiam os critérios para a existência de um município. Assim, em 17 de dezembro de 1892, foi restabelecido o município de São José do Ribeirão com o nome de Bom Jardim.
Porém, era subordinado à comarca de Nova Friburgo, vindo a se emancipar em 5 de março de 1893. Em 31 de dezembro de 1943, pela lei estadual nº 1.056, o município passou a se chamar Vergel, denominação que perdurou até 20 de junho de 1947, quando uma nova lei estadual devolveu ao município seu antigo nome de Bom Jardim, que continua até hoje.
A população de Bom Jardim atualmente é de 24.426 habitantes. Ao lado de Duas Barras, Nova Friburgo e Sumidouro, constitui uma das quatro microrregiões da Região Serrana.
Relógio – A Paróquia Nossa Senhora da Conceição de Bom Jardim (foto) possui em seu relógio de numeral romano uma peculiaridade: ao invés de representar o número 4 por IV, representou-se o mesmo número por IIII. Apesar de parecer um erro, o hábito de usar IIII em lugar de IV tem raízes antigas, e os motivos para este uso vão desde questões estéticas a questões religiosas.