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O desbravamento do município de Trajano de Moraes está ligado aos portugueses estabelecidos nas baixadas que subiram a serra, em busca de riquezas. Os veios de ouro não existiam, mas logo eles descobriram um outro tipo de riqueza: o café. Os colonos portugueses e a mão de obra escrava tornaram a terra produtiva, e dela, se extraíram grandes fortunas. Em 1881, chegaram os primeiros colonos europeus à região, atraídos pelos cafezais.
O primeiro núcleo populacional se formou em volta da Capela Nosso Senhor dos Passos, em 1840, situada na atual São Francisco de Paula. A agricultura fez com que São Francisco de Paula vivesse um período de imponência, os barões do café vestiam-se de acordo com a moeda e costumes vivido pela população da capital.
Em 1846, em decorrência do desenvolvimento alcançado pela região através da cultura cafeeira e por influência de José Antônio de Moraes, proprietário da fazenda Aurora, o núcleo foi elevado à categoria de freguesia, sob a denominação de São Francisco de Paula, então pertencente ao município de Cantagalo. Em virtude da emancipação de Santa Maria Madalena no ano de 1861, a freguesia foi incorporada ao território desse novo município fluminense. Com a abolição da escravatura em 1888 e esgotamento dos solos, no entanto, toda a economia da região ficou abalada. No intuito de atenuar a crise econômica, o governo decretou a criação do município de São Francisco de Paula, através do Decreto n.º 178, de 12 de março de 1891, instalado em 25 de abril do mesmo ano, tendo a freguesia sido elevada à categoria de vila e sede do novo município.
Com a chegada da linha férrea, em 1893, na localidade denominada Ventania, foi inaugurada a estação ferroviária Dr. Trajano de Moraes, um novo núcleo populacional se formou ao redor da linha férrea. Essa localidade desenvolveu-se com tal rapidez que o governo transferiu para lá a sede municipal, em 1915. Entre 1919 e 1923, a sede do município foi temporariamente alterada para a localidade onde ficava a estação de Aurora, atual Visconde de Imbé. Em 1923, a sede do município foi novamente transferida para Vila Ventania (hoje Trajano de Moraes). Em 27 de dezembro de 1929, o Coronel Alfredo Lopes Martins mudou o nome do município de São Francisco de Paula para Trajano de Moraes.
São Francisco de Paula é o povoado que deu origem ao município de Trajano de Moraes. Hoje a localidade de São Francisco de Paula fica em Visconde do Imbé, segundo distrito deste município. Pela Lei Estadual n.º 1.234, de 18-01-1915, a sede do município foi transferida de São Francisco de Paula para Estação de Trajano de Moraes. Sob a mesma Lei o distrito de Ventania passou a denominar-se Trajano de Moraes. Já a alteração do nome do município de São Francisco de Paula para Trajano de Moraes foi feito pelo Decreto-lei Estadual n.º 392-A, de 31-03-1938.
Foram políticos influentes da época: José Antônio de Moraes, Visconde de Imbé, fazendeiros da Fazenda Aurora, Trajano Antônio de Moraes (que mais tarde daria o nome à sede do município), entre outros.
Trajano Antônio de Moraes nasceu no município de Borrazópolis, no estado do Paraná, e mudou-se ainda criança com seus pais para o estado do Rio de Janeiro, estabelecendo residência na Fazenda Aurora. Era filho de José Antônio de Moraes (o Visconde de Imbé) e Leopoldina Neves de Moraes (a Viscondessa de Imbé). Era um homem influente de sua época e um grande fazendeiro, proprietário das fazendas de Santo Inácio, Barro Alto e Retiro. O comendador Trajano Antônio de Moraes morreu em 1911.
